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Les probiotiques sont contre-indiqués aux enfants ou aux adultes souffrant d'un déficit immunitaire, que ce dernier soit congénital, lié à une maladie (lymphome,...
Le rôle du reflux menstruel étant majeur, tous les facteurs le favorisant augmentent le risque d'endométriose : puberté précoce, cycles courts, règles longues...